Hallo Marc,
um dein Problem zu lösen, brauchst du dreierlei:
1. Du darfst den Flusi nicht im MS-Vollbildmodus betreiben, weil der bei Anwendungswechsel
immer minimiert wird. Nimm stattdessen den optimierten Vollbildmodus des SIMtimizer. Dann kannst du auf deinem 2. Monitor laufen lassen, was du magst.
2. Schalte die Option "Pause bei Anwendungswechsel" aus
3. Warte auf die nächste Version des SIMtimizer. Da wird genau diese Option enthalten sein, dass Mausklicks und Scrollen in anderen Anwendungen möglich sein werden, ohne dass der Flusi sich davon beeindrucken lässt.
Wenn du mit "wenn man nur kurz eine Karte öffnet" allerdings die Karte des FS X meinst, dann gibt es leider keine Lösung deines Problems.